漠河县位于祖国版图的最北部，居中俄界河黑龙江之滨，是全国纬度最高的县份。漠河县位于全国九大山系之一的大兴安岭山脉的北坡，黑龙江上游南岸。地理坐标为东经121°07′～124°20′，北纬52°10′～53°33′。

漠河县东与塔河县接壤，西和内蒙古自治区呼伦贝尔盟的额尔古纳右旗为邻，南以内蒙古自治区根河市和大兴安岭地区所属的呼中区交界，北隔黑龙江主航道与俄罗斯相望。

漠河县自黑龙江上游内蒙古恩河哈达以东2．6千米处，下至谢尼康河口，边界线长245千米，境内南北宽150千米，总面积18 233平方千米。漠河县面积占大兴安岭地区总面积的21．6％，占全省总面积的3．9％，人口密度为每平方千米里4．64人。

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